بر اساس منابع موجود در موسسه اوقاف مسجد کایا چلبی ساخت آن در سال ۱۶۶۰ میلادی توسط کایا چلبی زاده کوچی بیگ آغاز شده است. اما کایا چلبی زاده کوچی بیگ در سال ۱۶۶۳ اعدام شده و امر ساخت مسجد توسط جم ددم اوغلو محمد بیگ به پایان رسیده است. این مسجد در سال ۱۹۹۳ میلادی توسط موسسه اوقاف مسجد کایا چلبی مرمت و بازسازی شده و مجددا بعنوان مسجد مورد استفاده قرار گرفته شده است. نمای مسجد با سنگ های تراش خورده دو رنگ و با پنجره هایی به اشکال مختلف دارای ساحنار دینامیک و ویژه‌ای است. از سوی دیگر درب ورودی مسجد در بخش میانی نمای شمالی مسجد تعبیه گردیده است. روی درب و پنجره های این بخش از نمای این مسجد یکی از سازه های مهم دوره عثمانی محسوب می‌شود تزئینات گیاهی و هندسی چشمگیر وجود دارد. در دوران باستانی شهر وان این مسجد تنها مسجدی بود که به منظور عبادات روزمره از آن استفاده می‌شد.
